フリーランスエンジニアの確定申告、e-Taxでのオンライン提出のやり方とマイナンバーカード認証の注意点

「確定申告書はできあがったのに、いざe-Taxで送信しようとしたらマイナンバーカードが読み取れない」——毎年この時期、こうした声をよく聞きます。

結論から言うと、e-Taxの送信でつまずく原因のほとんどは「認証方式の選び間違い」と「電子証明書の有効期限切れ」の2つです。あらかじめ自分に合った提出方法を選び、電子証明書の期限だけ確認しておけば、送信自体は10分もかかりません。

この記事では、フリーランスエンジニアが実際に使うことの多いe-Taxのオンライン提出方法を3種類比較し、マイナンバーカード認証で失敗しやすいポイントとよくあるエラーへの対処法を、国税庁の公式情報をもとに整理します。

e-Taxのオンライン提出方法は3種類

フリーランスエンジニアが確定申告をe-Taxで送信する方法は、大きく分けて3つあります。それぞれ必要なものと特徴が異なるため、自分の環境に合わせて選びましょう。

方式	必要なもの	特徴	おすすめの人
マイナンバーカード方式	マイナンバーカード＋ICカードリーダーまたは対応スマホ	電子署名を付与して送信。今後の本命方式	今から始める人、長く使いたい人
ID・パスワード方式	税務署で発行されたID・パスワード	電子署名不要で送信できる暫定措置。令和9年分から利用不可の予定	すでにID発行済みで今年限りの申告をしたい人
スマホ申告（マイナポータル連携）	マイナンバーカード対応スマホ	作成から送信までスマホで完結。生体認証にも対応	PC作業を減らしたい人、外出先で申告したい人

国税庁のe-Tax公式サイトによると、ID・パスワード方式は「税務署で事前に本人確認を行うことで電子署名を省略できる」簡易的な方式であり、令和9年分の確定申告からは利用できなくなる予定と案内されています（出典：国税庁 e-Tax「ID・パスワード方式について」）。すでにID・パスワードを持っている人は当面使えますが、これから新規に確定申告をオンライン化するなら、最初からマイナンバーカード方式に慣れておくほうが将来的な手間を減らせます。

マイナンバーカード方式の注意点

ICカードリーダーで読み取る場合

PCで申告書を作成し、そのままICカードリーダーでマイナンバーカードを読み取って送信する方法です。国税庁のe-Tax公式サイトでは、e-Taxソフト（WEB版）のログイン画面でICカードリーダー読み取りを選択し、カードを読み取ったうえで「利用者証明用電子証明書の暗証番号（数字4桁）」を入力することでログインできると案内されています（出典：国税庁 e-Tax「マイナンバーカード方式について」）。

この暗証番号は、市区町村窓口でマイナンバーカードを受け取った際に自分で設定した4桁の番号です。署名用電子証明書のパスワード（英数字6〜16桁）と混同しやすいので注意してください。入力を複数回間違えるとロックがかかり、市区町村窓口での解除手続きが必要になります。

スマホで読み取る場合

ICカードリーダーを持っていなくても、マイナンバーカード対応スマホがあれば読み取りが可能です。国税庁のe-Tax公式サイトによれば、スマートフォンでの読み取りでは「生体認証が利用できます（機種によって異なります）」とされており、対応機種であれば暗証番号の入力を省略できる場合もあります（出典：国税庁 e-Tax「マイナンバーカード方式について」）。

登録手続きには2つのルートがあります。

• 方法1：e-Taxホームページのログイン画面から直接マイナンバーカードを読み取り、登録画面で情報を入力する
• 方法2：マイナポータルの「外部サイトとの連携」機能を経由してe-Taxと連携する

令和7年分の確定申告からは、国税庁がスマホとマイナポータル連携での申告をより便利にする施策を進めており、確定申告書等作成コーナーで作成した内容をマイナポータル経由でそのまま送信できる流れが案内されています（出典：国税庁「令和7年分の確定申告はスマホとマイナポータル連携でもっと便利に！」）。PCよりスマホ中心で作業したいフリーランスエンジニアには、こちらのルートが特におすすめです。

電子証明書の更新期限に要注意

マイナンバーカード方式で毎年つまずく人が多いのが、電子証明書の有効期限切れです。

更新のポイントは次のとおりです。

• 有効期限が近づくと、住民票のある市区町村から更新のお知らせが届く
• 更新手続きは住民票のある市区町村窓口で本人が行う必要がある（郵送やオンラインだけでは完結しない場合が多い）
• 確定申告の提出期限（原則3月15日）の直前は窓口が混み合いやすいため、期限を確認したら早めに更新しておく

また、電子証明書を更新した場合でも、マイナンバーカード方式そのものの利用開始手続きをやり直す必要はないと国税庁は案内しています（出典：国税庁 e-Tax「マイナンバーカードに搭載されている電子証明書を更新した場合、再度、マイナンバーカード方式の利用開始手続が必要ですか。」）。証明書だけ更新すれば、そのまま使い続けられます。

よくあるエラーと対処法

国税庁のe-Tax公式サイトのトラブルシューティングページで案内されている代表的なエラーと対処の考え方を紹介します（出典：国税庁 e-Tax「エラー解決（トラブルシューティング）」）。

エラー・症状	主な原因	対処の方向性
電子証明書が登録されていない旨のメッセージ	e-Taxに電子証明書の登録が済んでいない	画面の案内に従い電子証明書の登録を行う
電子証明書の失効確認時にエラーが発生した旨のメッセージ	証明書が失効している、または通信に問題がある	証明書の有効期限を確認し、時間をおいて再送信する
登録済みの電子証明書と異なる旨のメッセージ	カード再発行や証明書更新後、登録情報が古いまま	最新の電子証明書情報を確認のうえ再登録・再送信する
利用者識別番号が一致しない旨のメッセージ	複数の利用者識別番号を取得・混同している	利用中の利用者識別番号を確認し、正しいものでログインする

いずれのエラーも、まずは「電子証明書の有効期限」と「利用者識別番号の一致」を確認するところから始めるのが近道です。原因が特定できない場合は、エラーメッセージに表示されるコードをそのままe-Taxのヘルプデスクや公式サイトの検索窓に入力すると、該当するQ&Aが見つかりやすくなります。

確定申告ソフトを使えばe-Tax連携もスムーズ

手書きや国税庁の確定申告書等作成コーナーだけでも申告書は作れますが、フリーランスエンジニアのように売上や経費の管理を日常的に行っている場合は、クラウド会計ソフトを使うと申告書の作成からe-Tax送信までの流れが一本化できます。

とくに「マネーフォワード クラウド確定申告」は、日々の帳簿入力から確定申告書の作成、マイナンバーカード方式でのe-Tax送信までをソフト内で完結できるのが特徴です。認証方式の切り替えに悩みやすい人ほど、ソフトの案内に沿って進めるほうが迷いにくいでしょう。

【PR】

自動化でカンタンに書類作成 マネーフォワード クラウド確定申告

よくある質問（FAQ）

Q1. マイナンバーカード方式とID・パスワード方式、どちらを選ぶべきですか？

A. これから新しく始めるなら、マイナンバーカード方式をおすすめします。ID・パスワード方式は電子署名を省略できる暫定的な仕組みで、国税庁は令和9年分の確定申告からの利用終了を予定していると案内しています。長く使う前提であれば、最初からマイナンバーカード方式に慣れておくほうが安心です。

Q2. ICカードリーダーを持っていませんが、e-Taxは使えますか？

A. 使えます。マイナンバーカード対応スマートフォンがあれば、カードをスマホで読み取ることでマイナンバーカード方式を利用できます。機種によっては生体認証にも対応しています。

Q3. 電子証明書の有効期限が切れていたらどうすればいいですか？

A. 住民票のある市区町村の窓口で更新手続きを行う必要があります。確定申告の提出期限直前は窓口が混雑しやすいため、期限が近い場合は早めに更新しておくことをおすすめします。

Q4. e-Taxで送信エラーが出たとき、まず何を確認すればいいですか？

A. 電子証明書の有効期限と、ログインに使っている利用者識別番号が申告データと一致しているかをまず確認してください。エラーメッセージに表示されるコードを国税庁e-Taxサイトのよくある質問で検索すると、該当する対処法が見つかりやすくなります。

Q5. スマホだけで確定申告を完結できますか？

A. 可能です。国税庁は令和7年分の確定申告から、確定申告書等作成コーナーでの作成とマイナポータル連携によるe-Tax送信をスマホ上で完結できるよう案内を強化しています。マイナンバーカード対応スマホがあれば、PCなしでも申告できます。

まとめ

e-Taxのオンライン提出でつまずく原因の多くは、認証方式の選び方と電子証明書の有効期限に集約されます。今からe-Taxを使い始めるフリーランスエンジニアは、まずマイナンバーカード方式に慣れ、電子証明書の有効期限を毎年チェックする習慣をつけておきましょう。ICカードリーダーがなくても、対応スマホがあれば申告は十分に完結できます。

あわせて読みたい記事

• 確定申告が初めての方へ｜基本の流れをまとめたガイド
• 確定申告ソフト比較｜フリーランスエンジニアに合う選び方
• インボイス制度の基礎をわかりやすく解説